Sakurada Jun è un ragazzo dall'apparenza scontrosa e insicura che ripudia il contatto con gli estranei, al punto di rifiutarsi di andare a scuola, creando grandi preoccupazioni nella sorella maggiore Nori, che, a causa dell'assenza dei genitori, si prende cura di lui. Il passatempo preferito di Jun è ordinare cianfrusaglie via internet per poi rispedirle al mittente utilizzando il diritto di recesso. Un giorno, dopo aver risposto per gioco a uno strano annuncio trovato in rete, si vede recapitare una valigia contenente una misteriosa bambola incredibilmente verosimile… al punto da essere viva! Non solo: Shinku, questo il suo nome, è altezzosa e capricciosa, e tratta Jun come il suo servo. Ma le cose si complicano quando un misterioso aggressore mette in pericolo la vita di Jun: se il ragazzo vorrà salvarsi, dovrà accettare un patto inscindibile con Shinku…
La graziosa Hana Ichigo, bambola appartenuta a Tomoe, amica d'infanzia di Jun, diventa la "servitrice" di Shinku; il povero Jun vede così piombare nella sua vita per la seconda volta consecutiva un inatteso ciclone di guai e capricci. Ma i problemi non finiscono qui: le cose si complicano ulteriormente quando una nuova Rozen Maiden, Suiseiseki, chiede l'aiuto di Shinku per rintracciare il suo fratello gemello Soseiseki, rapito da un umano malvagio...
Mentre Jun sta cercando un modo per restituire a Shinku il suo braccio perduto, lo scontro tra Suiseiseki e Soseiseki, le due bambole gemelle, sta per arrivare al suo culmine. Soseiseki deve portare a termine l'oscura missione che le ha dato il suo misterioso padrone: ma per farlo non le bastano le sue Forbici… deve ottenere anche l'Annaffiatoio della sorella Suiseiseki, e per questo lo scontro tra le due sarà inevitabile. Soseiseki è decisissima: deve agire, sola contro tutti, anche per poter ritrovare se stessa, non importa a quale tragedia ciò possa condurre; non importa nemmeno se nell'ombra si cela l'ambigua Suiginto, pronta ad approfittare della drammatica situazione.
Ma se una bambola esce di scena, ecco che ne arriva subito un'altra: Kanaria, l'autoproclamata "intellettuale delle Rozen Maiden", che con incrollabile determinazione tenta di penetrare in casa di Jun, con l'unico risultato di… farsi sbattere la porta in faccia.
Dopo Shinku e Hinaichigo, anche Suiseiseki si trasferisce in pianta stabile nella casa di Jun, e quella che una volta era per lui un'oasi di tranquillità ove potersi rinchiudere in totale solitudine, diventa un autentico porto di mare. Il susseguirsi delle avventure in cui Shinku e le altre lo trascineranno, sarà per il ragazzo un'occasione per riscoprire sé stesso e confrontarsi finalmente con le sue paure.
Mentre Jun, con molta fatica, cerca di riprendersi dal forte shock causato dai suoi ricordi, l'arrivo di Kanaria ha ormai sancito il risveglio di tutte le bambole della serie Rozen Maiden: la lotta per riuscire a diventare Alice richiederà presto nuovi combattimenti e nuove vittime. Suiginto, però, esita a stringere il patto con la fragile Megu, quel patto che dovrebbe donarle nuovo potere.
Nel frattempo due misteriose figure compaiono per turbare i personaggi e gettare sul piatto nuove domande: una bambola candida e senza nome, che sembra vivere solo nei sogni, e una bionda ragazza europea, giunta in Giappone alla ricerca del proprio passato.
Tutte le sette bambole Rozen Maiden si sono ormai svegliate, e la battaglia si avvia a farsi sempre più spietata.
La misteriosa bambola bianca che sembra muoversi solo nei sogni è riuscita ad attirare nella sua terribile trappola l'indifesa Hinaichigo… non solo, arriva quasi a far scontrare tra loro Shinku e Kanaria.
Nel frattempo Suiginto, sempre più vacillante nei suoi stessi obiettivi, decide infine di compiere il passo decisivo nei confronti di Megu, la debole ragazza malata che dovrebbe farle da medium.
Ma questa volta il vero passo avanti tocca forse a Jun, posto suo malgrado a confronto con Mitchan, una sfegatata collezionista di bambole ma anche una persona estremamente convinta di quello che il ragazzo è in grado di fare, e del modo migliore per farlo…
Kirakisho, la bambola bianca che vive sul piano astrale dei sogni, mette in azione il suo piano fatto di inganni e illusioni, sottraendo uno alla volta alle sue sorelle i rispettivi padroni. Shinku e Suiseiseki cercano di contrastarla prima che avvenga l'irreparabile, ma il rischio di cadere in una trappola ben congegnata è molto alto… e anche Jun, sempre tormentato dalle croniche indecisioni su se stesso e sul suo futuro, viene trascinato nelle ultime mosse del Gioco di Alice. Il Demone di Laplace metterà infine il ragazzo di fronte a una scelta, quella scelta che chiuderà per sempre la leggenda delle Rozen Maiden o solleverà il sipario su una nuova storia, ancora tutta da raccontare.