Nathan Never entra in possesso dell'unica copia rimasta del film "2001: Odissea nello spazio": la divulgazione della pellicola svelerebbe la truffa ordita da Marcus Hackman, fondatore della setta degli adoratori del Monolito Nero. Sulle tracce del film si mettono Ash e Leonid, malviventi al servizio di Hackman, che rapiscono Penelope Peabody, nipote delle vicine di Nathan, per costringere l'agente Alfa a consegnare loro il film. Ma anche i mutati, assoldati dal collezionista Al Castle, vogliono recuperare la pellicola...
Kal Skotos rapisce i passeggeri di uno shuttle, il dottor Alan Byrne e la giovane June, e li trasporta su Hell's Island, un'isola su cui è proibito l'accesso a causa di un pericoloso virus che ne ha contagiato gli abitanti, rendendoli dei mostri mutanti. Nathan Never viene incaricato di liberare i due prigionieri e di riportarli indietro entro quarantott'ore, prima di essere contagiato a sua volta. L'agente Alfa riesce a liberare Byrne e June, grazie all'allarme creato tra gli uomini di Skotos da un misterioso gruppo di uomini in armatura...
Nathan Never riesce a sfuggire agli uomini della Fratellanza Ombra, grazie all'aiuto di una comunità di "uomini-bambini" guidata da Bill e Sony. Ma per sfuggire agli sgherri di Skotos e ai misteriosi Uomini Ombra e portare in salvo Byrne e June (che inizia ad accusare un inspiegabile malore), Nathan deve affrontare il terribile Big Sam...
Nathan Never è incaricato di indagare sulla morte di un cadetto della Fanteria dello Spazio, di nome John Hartman. Nathan, sotto la falsa identità del tenente Noah Bright, entra nella Armstrong Academy come responsabile di un gruppo di cadetti. L'agente Alfa scopre ben presto che un secondo gruppo di cadetti, addestrato dal capitano Susan Connery, fa registrare nelle esercitazioni dei punteggi eccessivamente brillanti...
Durante un'esercitazione, il capitano Connery rischia di uccidere per errore un cadetto del gruppo di Nathan Never. L'agente Alfa scopre così che ai cadetti addestrati dalla Connery viene somministrato l'euridal policlorico, una droga potenziante con effetti mutageni, allo scopo di farli diventare invincibili e contrastare così i fanti spaziali addestrati sulle stazioni orbitanti. Quando si accorge che Nathan ha scoperto il suo piano, Susan Connery lo fa catturare e gli lancia un'ultima sfida...
Nathan Never viene incaricato da Cora, moglie del professor Alex Arnold, di indagare sulla morte misteriosa del marito. Arnold era stato, anni prima, responsabile scientifico di una missione su un asteroide durante la quale aveva reperito, e aperto, un involucro di probabile origine aliena. Nathan, con l'aiuto del pilota di shuttle Jerry Lone, si mette sulle tracce di Herbert Benson, l'ultimo ad aver incontrato Arnold. Ma la sorte del professore interessa anche ad Aristotele Skotos e alla Fratellanza Ombra...
Jack O'Ryan, sibillino agente investigativo di una società del Sud affiliata all'Agenzia Alfa, arriva in città per un'indagine su una piccola società, la Perez/Cowan, sospettata di essere una copertura per alcuni terroristi. Nathan Never gli viene affiancato nell'indagine: i due scoprono la presenza di tre androidi da combattimento che scatenano il caos nel sesto livello, causando la reazione della yakuza. Ma un quarto androide è diretto al palazzo di Skotos, con il quale Jack sembra avere un misterioso legame...
L'enigmatico Shoji DeVille si presenta a sorpresa a casa di Nathan Never, chiedendo il suo aiuto per combattere i "demoni" che dovrebbero portare il mondo alla distruzione. Prima di andarsene, Shoji lascia a Nathan una maschera antica che gli permetterà di distinguere gli esseri umani dai mostri. Ma quando Nathan la indossa per fare uno scherzo, vede Legs Weaver con un volto diabolico. La battaglia tra angeli e demoni è già cominciata?
David, veterinario amico di Nathan Never, entra in possesso di Mushi, un draghetto creato in laboratorio, i cui escrementi contengono un agente mutageno che fa crescere a dismisura la vegetazione. David, perciò, incarica Nathan di scoprirne la provenienza... Grazie a un'incursione di Sigmund nel cyberspazio, gli agenti Alfa scoprono che il creatore di Mushi è il professor Masato Odaka, ritiratosi su un'isoletta del Pacifico. Ma quando Nathan si reca sull'isola, si trova alle prese con i dinosauri che popolano una valle...
Dopo essere sfuggiti a un attacco suicida di truppe governative, Nathan e gli uomini di Hackman restano bloccati all'interno della base in attesa di un successivo attacco. Ma nel gruppo si cela un traditore che permette la riuscita dell'assalto: Nathan e Hackman vengono rapiti e portati nella villa dove li attende un vero e proprio tribunale, capeggiato dall'implacabile Michelle Forbes...